Los restos arqueológicos del gran Pajatén evidencian la presencia de la cultura Chachapoyas en la zona donde hoy se ubica el departamento de San Martín. Durante los primeros años de la Conquista se inician las expediciones hacia la región amazónica.
La ciudad de Moyobamba, fundada en 1539 por Hernando de Alvarado, fue la primera población española establecida en la Selva. Convertida en punta de lanza de la civilización en la Amazonía, por la acción de misioneros y exploradores, tuvo en sus orígenes la función de un cuartel general en el que se organizaban y emprendían las expediciones de conquista y misiones evangelizadoras.
Posteriormente, desde mediados hasta fines del siglo pasado, la producción y exportación de sombreros de paja bombonaje o toquilla permitieron a San Martín disfrutar de un auge económico, con la apertura de numerosos negocios locales. Este hermoso y acogedor departamento fue creado en 1906 para honrar la memoria del héroe libertador don José de San Martín. Con la construcción de la Carretera Marginal de la Selva, en la década de los años sesenta, se logró la importante conexión terrestre con el resto del país.
El departamento de San Martín tiene grandes riquezas naturales con espectaculares cataratas (Gera, Huancamaillo, Ahuashiyacu y Chapahuanka), hermosas lagunas (Azul, Venecia, San Fernando), ríos (Mayo, Huallaga y Uquihua) y exóticas orquídeas. Cuenta además con ciudades comerciales e industrializadas como Tarapoto (o ciudad de las palmeras)y Moyobamba. San Martín posee un singular y rico folclore.
Abundan los cantos y leyendas entonados durante sus festividades patronales. Sus bailes tradicionales más representativos son la pandilla y la marinera selvática (baile nupcial por excelencia). Los lugareños son reconocidos por su fina y hermosa cerámica, así como por la confección de sombreros, cestas y canastillas.
En la cuenca del río Huallaga se localiza, desde 1983, el Parque Nacional Río Abiseo-Pajatén, sobre una extensión de 274,000 hectáreas. Esta importante reserva natural está destinada a preservar la zona arqueológica del Pajatén (donde se hallan restos de la cultura Chachapoyas conocidos como la Playa; Las Papayas; El Gran Pajatén y sus construcciones de forma circular hechas con laja pisarrosa y decoradas con figuras de cóndores en actitud de vuelo y cabezas clavas; Los Pinchudos; y el Cerro Central): El parque, cuyo vasto territorio diferencia varios niveles de altitud con características definidas, como el bosque enano, el bosque de neblina y los pajonales, protege además especies de flora y fauna en peligro de extinción (como el mono choro de cola amarilla y la temible shushupe).